Как сделать правильное время жизни ApplicationDbContext

Основываясь на ваших комментариях, я попытался воспроизвести ваш сценарий и сработал отлично, вот конфиги, которые я использовал, вы можете проверить, есть ли что-то другое, что может привести вас к проблеме.

Программа.cs

builder.Services.AddDbContext<AppDbContext>(options => options.UseNpgsql("Host=localhost;Database=example;Username=user;Password=pwd"));
builder.Services.AddScoped<UserService>();
builder.Services.AddScoped<ConfirmEmailService>();
builder.Services.AddHttpClient();

Вот как я внедрил ConfirmEmailService. Вот сервис

public class ConfirmEmailService
{
    private readonly UserService _userService;
    private readonly IHttpClientFactory _httpClientFactory;

    public ConfirmEmailService(UserService userService, IHttpClientFactory httpClientFactory)
    {
        _userService = userService;
        _httpClientFactory = httpClientFactory;
    }

    public async Task ConfirmEmailAsync(int userId, Guid codeFromUser, CancellationToken cancellationToken)
    {
        var user = await _userService.GetUserById(userId, cancellationToken);
        
        if (user.EmailConfirmed) throw new Exception("Email already verified");

        // Getting Confirmation Code        
        var confirmationCode = await ResponseHelper.GetResponseAsync(_httpClientFactory, $"http://localhost:5151/code?userId = {userId}");
        var confirmationCodeDto = await ResponseHelper.DeserializeResponseAsync<ConfirmationCodeDto>(confirmationCode);

        // validation
        if (confirmationCodeDto.ExpiresAt < DateTime.UtcNow) throw new Exception("Code expired");
        if (confirmationCodeDto.Code != codeFromUser) throw new Exception("Your code is wrong");
        
        // setting `EmailConfirmed == true`
        user.EmailConfirmed = true;
        await _userService.UpdateUser(user, cancellationToken);

        var userSaved = await _userService.GetUserById(userId, cancellationToken);

        if (userSaved.EmailConfirmed != true)
            throw new Exception("Not saved correctly");
        
        // var codeId = confirmationCodeDto.Id;
        // Deleting ConfirmationCode from Db, cuz it's already verified
        // await ResponseHelper.DeleteResponseAsync(_httpClientFactory, $"{ServiceUrlVariables.ConfirmationCodeApi}/DeleteConfirmationCodeById/{codeId}");
    }
}

Итак, поясняя, в принципе я прописал контекст такой же, как и вы, т.е. По умолчанию он зарегистрирован как служба с ограниченной областью действия, как указано в определении :

объекты одинаковы для данного запроса, но различаются для каждого нового запрос

Если вы правильно дождались всех асинхронных вызовов, у вас не должно возникнуть проблем с обновлением базы данных после этого.

Подробнее об асинхронном программировании.