Как сохранить динамическую строку в структуре **, содержащей указатель на char *

Ваш файл очень похож по форме на CSV. Посмотрите, можете ли вы использовать какие-либо библиотеки синтаксического анализа csv или код.

Вместо того, чтобы проверять каждый символ, прочитайте всю строку в буфер и используйте strtok. strtok - это функция, используемая для разделения строки по разделителю. a ',' в вашем случае.

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>

const char* getfield(char* line, int num)
{
    const char* tok;
    for (tok = strtok(line, ",");
            tok && *tok;
            tok = strtok(NULL, ",\n"))
    {
        if (!--num)
            return tok;
    }
    return NULL;
}

int main()
{
    FILE* stream = fopen("in.md", "r");

    char line[1024];
    while (fgets(line, 1024, stream))
    {
        char* tmp1 = strdup(line);
        char* tmp2 = strdup(line);

        printf("Name is %s\n", getfield(tmp1, 1));
        printf("State is %s\n", getfield(tmp2, 2));
        // NOTE strtok changes the string. Hence two vars. You can try duplicating in the function instead.
        // Note that I'm freeing the data. copying with strdup instead of directly assigning may be wise.
        free(tmp1);
        free(tmp2);
    }
}

Вы можете использовать что-то вроде этого, чтобы прочитать одну школьную запись из предоставленного вами FILE*:

bool School_read(School* s, FILE* in) {

    int scan = fscanf(in, " %m[^,\n], %m[^\n]", &s->name, &s->state);

    // the fscanf format string:
    // <space> = skip leading whitespaces (like a newline from the line before)
    // %m[^,\n] = read a string until, but not including, "," or "\n"  m = allocate space for it
    // , = expect a comma and discard it
    // %m[^\n] = read a string until, but not including, "\n" and allocate space for it

    // just a debug print
    fprintf(stderr, " -- got %d hits, >%s< >%s<\n", scan, s->name, s->state);

    if (scan<2) {
        // not a complete scan, failure
        if (scan==1) {
            // apparently, we got one match, free it
            free(s->name);
            s->name = NULL;
        }
        return false;
    }
    return true;
}

Я не знаю, насколько широко распространена поддержка модификатора «m», который динамически выделяет память для строк. Последние компиляторы gcc и clang все равно поддерживают его.

Вы также можете сделать функции для создания и уничтожения Школы:

School* School_create() {
    School* s = malloc(sizeof(School));
    if (s!=NULL) {
        s->name = NULL;
        s->state = NULL;
    }
    return s;
}

void School_destroy(School** sp) {
    if (sp) {
        School* s = *sp;
        if (s) {
            if (s->state) free(s->state);
            if (s->name) free(s->name);
            free(s);
        }
        *sp = NULL;
    }
}

..и объединить их все:

School* School_create_and_read(FILE* in) {
    School* s = School_create();
    if (s) {
        if (School_read(s, in)==false) {
            School_destroy(&s);
        }
    }
    return s;
}

Итак, в вашей функции, заполняющей массив школ:

void input_schools(FILE* IN, School** Sch, int k) { 
    School* s;
    while( (s=School_create_and_read(IN)) ) {
        // s is a valid School pointer
        // store it in your array 
    }               
}