Как сохранить несколько наборов данных в один файл?

Класс DataSet имеет Метод слияния. Это предназначено для объектов набора данных, схемы которых похожи / связаны и будут объединять их вместе. Есть много параметров, которые могут управлять тем, как вы хотите, чтобы это слияние работало.

Пример слияния

dataset1.Merge(dataset2,true); //true will preserve changes in dataset1 if dataset2 has matching/related data that is different

Более полный пример.

У нас не так много работы, но, судя по вашему вопросу, кажется, что Merge, похоже, не соответствует вашим потребностям (отсюда и мой вопрос в комментариях), плюс непонимание, почему нужен один файл xml и / или как создаются исходные наборы данных (например, из двух внешних XML-файлов, находящихся вне вашего контроля, или ....).

Идея 2

Если оба набора данных представляют собой нечто совершенно другое, добавьте в один из наборов данных таблицы из другого и затем сохраните. Когда вы перечитаете его, вы затем отмените процесс, чтобы разделить таблицы на второй набор данных.

Пример добавления таблиц

dataset1.Tables.Add(dataset2.Tables["tablename"]);

Возвращение к двум наборам данных после чтения xml с опцией Tables будет выглядеть примерно так:

foreach(DataTable table in dataset1)
{
  if (table.TableName == "TableForDataset2")
  {
   dataset2.Tables.Add(table);
  }
}

Вот тестовый код, который я написал с LINQPad, чтобы использовать BinaryFormatter для нескольких DataSet:

var fsw = new FileStream(@"D:\testdataset.ser", FileMode.Create);
var b = new BinaryFormatter();
b.Serialize(fsw,ds);
b.Serialize(fsw,ds2);
fsw.Close();

var fsr = new FileStream(@"D:\testdataset.ser", FileMode.Open);
var rds = (DataSet)b.Deserialize(fsr);
var rds2 = (DataSet)b.Deserialize(fsr);
fsr.Close();