Как сравнить результат двух подзапросов в предложении where SQLKata

Никакая перегрузка не принимает запросы как с левой, так и с правой стороны вместе.

Но вы всегда можете скомпилировать запросы и использовать WhereRaw. Один из моментов — быть в курсе приказов о привязках.

Взгляните на этот пример:

using SqlKata;
using SqlKata.Compilers;

var sub1 = new Query("A").SelectRaw("count(1)");
var sub2 = new Query("B").SelectRaw("count(1)");

var compiler = new SqlServerCompiler();
var c1 = compiler.Compile(sub1);
var c2 = compiler.Compile(sub2);
var bindings = c1.Bindings;
bindings.AddRange(c2.Bindings); // order (c1, c2) is important here

var query = new Query("Table").WhereRaw($"({c1.Sql}) = ({c2.Sql})", bindings);

var result = compiler.Compile(query);
Console.WriteLine(result.ToString());

Это выведет следующее

SELECT * FROM [Table] WHERE (SELECT count(1) FROM [A]) = (SELECT count(1) FROM [B])