Как связать два массива?

Ваше предположение неверно. Во-первых, у вас не должно быть двух массивов.

У вас должен быть один массив объекты, каждый из которых содержит имя студента и его оценки:

public class Record
{
    public string Student;
    public int[] Scores;
} 

Возможно, вы захотите сделать следующее: когда вы сортируете имена и вам нужно поменять местами две позиции, сделайте обмен такой же в массиве оценок. Таким образом, все изменения, внесенные в массив имен, будут отражены в массиве оценок. Когда вы закончите, оценки будут отсортированы в том же порядке, что и имена.

Есть более эффективные способы сделать это с разными структурами данных, как покажут другие комментарии.

Два подхода: во-первых, при сортировке имен каждый раз, когда вы обмениваетесь двумя именами, обменивайтесь строками (или столбцами, или как хотите их назвать) оценок в одних и тех же позициях. В конце концов, оценки должны быть синхронизированы с именами.

Во-вторых, вместо сортировки имен создайте третий массив, который будет содержать индексы в любой из двух других массивов, изначально от 0 до n-1, но затем отсортированный, сравнивая имя [a] и имя [b], вместо сортировки сам массив имен.

Определите простой класс Student следующим образом:

public class Student : IComparable<Student>
{
    public string Name { get; set; }
    public int[] Scores { get; set; }

    #region IComparable<Student> Members

    public int CompareTo(Student other)
    {
        // Assume Name cannot be null
        return this.Name.CompareTo(other.Name);
    }

    #endregion
}

тогда еще проще

    var students = new[] {
        new Student(){ Name = "B", Scores = new [] { 1,2,3 } },
        new Student(){ Name = "C", Scores = new [] { 3,4,5 } },
        new Student(){ Name = "A", Scores = new [] { 5,6,7 } }
    };

    Array.Sort(students);

сделает всю работу за вас.