Как удалить из таблицы json?

Кажется, что ваши данные получены из файла, поэтому для этого вам нужно выполнить все эти шаги в одном и том же php-скрипте:

• Получить данные из этого файла
• Анализировать данные с помощью json_decode
• Удалить предмет с помощью unset($data['id'])
• Сохранить новые данные в том же файле

Вот пример:

$jsonData = file_get_contents("data.json");
  $data = json_decode($jsonData, true);

  // here we go
  if (isset($_POST['item_key']) && !empty($_POST['item_key'])) {
    $data = array_values($data);
    $i=0;
    foreach($data as $element) {
      //check if it's the right item
      if (intval($_POST['item_key']) == $element['id']){ // intval only if you are sure id passed in POST[item_key] always integer 
         unset($data[$i]);
      }
      $i++;
   }
    file_put_contents('data.json', json_encode(array_values($data)));
  }

$_POST['item_key'] придет после отправки формы в html, см. ниже. В ваш html-код вам нужно будет добавить следующее:

<table class = "table">
    <thead class = "thead-dark">
        <tr>
            <th scope = "col">ID</th>
            <th scope = "col">Nazwa</th>
            <th scope = "col">Cena</th>
            <th scope = "col">Kupujący</th>
            <th scope = "col"></th>
        </tr>
    </thead>
    <tbody>
        <?php foreach($data as $key =>
        $value): ?>
        <tr>
            <td><?php echo $value['id']; ?></td>
            <td><?php echo $value['name']; ?></td>
            <td><?php echo $value['price']; ?></td>
            <td><?php echo $value['buyer']; ?></td>
            <td>
                <!-- action = "#" means you will stay in the same script after submit -->
                <form action = "#" method = "POST">
                    <input
                        hidden
                        type = "text"
                        name = "item_key"
                        value = "<?php echo $value['id'];?>"
                    />
                    <input type = "submit" value = "Remove" />
                </form>
            </td>
        </tr>
        <?php endforeach; ?>
    </tbody>
</table>

ОБНОВЛЯТЬ

• Используется unset с array_values после json_decode
• Удалено header(refre..), так как обновление будет выполняться путем отправки формы в тот же скрипт.