Как я могу получить доступ к переменным среды выполнения из скомпилированного webpack скрипта, который выполняется в узле?

Замена process.env фактически выполняется путем изменения кода, который обращается к этой переменной. Если вы обращаетесь к нему программно, избегая этого, вы сможете использовать базовую переменную, которая все еще присутствует:

// avoid cunning webpack replacement of process.env code
let process_env = {}
for (var a of ['env']) {
  process_env = process[a]
}
console.info(process.env.HOME) // this gives undefined
console.info(process_env.HOME) // this works