Как я могу получить уникальные значения массива в .net?

Вы можете использовать словарь, чтобы добавить их с помощью ключа, и когда вы добавите их, проверьте, существует ли уже ключ.

string[] myarray = new string[] { "aaa", "bbb", "aaa" };
            Dictionary mydict = new Dictionary();
            foreach (string s in myarray) {
                if (!mydict.ContainsKey(s)) mydict.Add(s, s);
            }

Используйте класс HashSet, включенный в .NET 3.5.

Решением может быть использование LINQ, как в следующем примере:

int[] test = { 1, 2, 1, 3, 3, 4, 5 };
var res = (from t in test select t).Distinct<int>();
foreach (var i in res)
{
    Console.WriteLine(i);
}

Это напечатает ожидаемое:

1
2
3
4
5

Предполагая, что у вас есть .Net 3.5 / LINQ:

string[] OutputArray = MyArray.Distinct().ToArray();