Для выполнения javascript с сервера я делал следующее:
Page.ClientScript.RegisterStartupScript( ... );
И он будет выполнен, когда страница загрузится обратно у клиента. Сейчас я модифицирую существующие страницы для использования UpdatePanels, и мой javascript больше не запускается.





AFAIR, вы должны использовать метод ScriptManagerRegisterStartupScript. Подробнее см. MSDN.