Как заполнить строки нулями в java?

Вы всегда можете использовать StringBuilder:

StringBuilder sb = new StringBuilder(15);
sb.append(date);
for (int i = date.length() ; i < 15 - merchantId.length(); i++) {
    sb.append('0');
}
sb.append (merchantId);
String reference = sb.toString();

Для этого вы можете использовать формат String.

String.format("%s%07d", date, id);
// if date = "20191107" and id=181, this will give 201911070000181

Что делает этот код, так это то, что он добавляет 0 перед идентификатором до тех пор, пока его длина не станет равной 7. (Первая часть - это дата, и я предполагаю, что дата всегда имеет длину 8 символов.) Это не будет работать, если идентификатор является строкой, поэтому я предлагаю привести его к целое число.