Как запретить расширению Beautify форматировать встроенный Javascript?

Согласно документация это должно быть что-то вроде:

{
  "unformatted": ["script"]
}

Если это не сработает, то, возможно, с настройкой language это может сработать.

You can control which file types, extensions, or specific file names should be beautified with the beautify.language setting.

{
 "beautify.language": {
   "js": {
     "type": ["javascript", "json"],
     "filename": [".jshintrc", ".jsbeautifyrc"]
     // "ext": ["js", "json"]
     // ^^ to set extensions to be beautified using the javascript beautifier
   },
   "css": ["css", "scss"],
   "html": ["htm", "html"]
   // ^^ providing just an array sets the VS Code file type
 }
}

Приведенная выше конфигурация должна включать форматирование только для указанных файлов .js.

Удачи.