Каков наилучший способ скопировать файлы из двух разных папок в новую с помощью javascript?

Вы должны взглянуть на документы узлов, где это упоминается более подробно

Если я могу предположить, что есть две папки folder1 и folder2

folder1 где есть файл word.txt и folder2 пусто

В файле сценария (при условии, что он живет с двумя папками) вы можете написать

const fs = require('fs');

// destination.txt will be created or overwritten by default.
// you can do the renaming here
fs.copyFile('./folder1/word.txt', './folder2/destination.txt', (err) => {
  if (err) throw err;
  console.info('word.txt was copied to destination.txt');
});

Самый быстрый способ скопировать файл

const fs = require('fs');

function copies(fs, files, destination)
{
  for (i=0;i<files.length;i++) {

    // destination file will be created or overwritten by default.
    fs.copyFile(files[i], destionation + '/' + files[i].replace(/^.*[\\/]/, ''), (err) => {
    if (err) throw err;
      console.info(files[i] +' was copied to ' + destination);
    });
  }
}

var files = ['/path/to/source/files.txt', '/sources/files/files2.txt'];

var destination = '/file/would/copy/to';

copies(fs, files, destination);

Вот функция, которая может помочь вам сделать это

const fs = require('fs');
const path = require('path');

function copyFiles() {
    const firstFolder = 'firstFolder';
    const secondFolder = 'secondFolder';
    const destinationFolder = 'destinationFolder';
    const firstDir = path.join(__dirname, firstFolder);
    const secondDir = path.join(__dirname, secondFolder);
    const destDir = path.join(__dirname, destinationFolder);
    fs.readdir(firstDir, (err, files) => {
        if (err) {
            throw err;
        }
        for (let i = 0; i < files.length; i += 1) {
            fs.copyFile(firstDir + '/' + files[i], destDir + '/' + files[i], function (err) {
                if (err)
                    throw err;
            });
        }

    });
    fs.readdir(secondDir, (err, files) => {
        if (err) {
            throw err;
        }
        for (let i = 0; i < files.length; i += 1) {
            fs.copyFile(secondDir + '/' + files[i], destDir + '/' + files[i], function (err) {
                if (err)
                    throw err;
            });
        }

    });
}

copyFiles();