У меня есть простой индекс в Lucene, и есть термин запроса, который извлекает документы нет с первого прохода. Обратите внимание, что это означает, что Lucene даже не оценивает никакие документы, а не то, что никакие документы не достигают определенного порогового значения для возврата. Мне интересно, есть ли способ заставить Lucene получить и попытаться оценить все документы при получении запроса и / или любой документации о том, как Lucene выбирает документы для оценки?

Подсчет очков в люцене - не такая уж простая тема.
Для скоринга есть довольно старая документация: http://lucene.apache.org/core/3_6_0/scoring.html
или более новый: https://lucene.apache.org/core/7_3_0/core/org/apache/lucene/search/package-summary.html#package.description
можно добавить свою собственную логику скоринга. Но имейте в виду, что вы действительно должны знать, что делаете.
Можете ли вы дать какой-то пример использования того, чего вы пытаетесь достичь?