Я надеюсь, что смогу объяснить это достаточно ясно, но если нет, дайте мне знать, и я постараюсь уточнить.
В настоящее время я разрабатываю сайт с использованием ColdFusion, и у меня есть правило mod_rewrite, чтобы он выглядел так, как будто сайт использует PHP. Любые запросы к index.php обрабатываются index.cfm (правило сопоставляет * .php с * .cfm).
Это отлично работает - пока все хорошо. Проблема в том, что я хочу вернуть код состояния 404, если index.cfm (или любая страница ColdFusion) запрашивается напрямую.
Если я попытаюсь заблокировать доступ к файлам * .cfm с помощью mod_rewrite, он также вернет 404 для запросов к * .php.
Я полагаю, мне, возможно, придется изменить мою конфигурацию Apache, а не использовать .htaccess

Опубликуйте правила, которые у вас уже есть, в качестве отправной точки, чтобы людям не пришлось воссоздавать их, чтобы помочь вам.
Я бы посоветовал в первую очередь попробовать [L] протестировать правило, сопоставляющее файлы .php с .cfm.
Вы должны использовать две отдельные группы правил перезаписи, одну для .php, другую для .chm, и сделать их взаимоисключающими с помощью RewriteCond% {REQUEST_FILENAME}. И используйте флаг [L], как предлагает jj33.
Вы можете сохранить свои правила в .htaccess.
Вы можете использовать флаг S, чтобы пропустить правило 404, например:
RewriteEngine on
# Do not separate these two rules so long as the first has S=1
RewriteRule (.*)\.php$ .cfm [S=1]
RewriteRule \.cfm$ - [R=404]
Если вы также используете опцию Alias, вам также следует добавить флаг PT. Подробнее см. документация по mod_rewrite.