Я новичок в диспетчере в AEM. Я не могу понять mod_rewite и mod_substitute в правиле перезаписи диспетчера. Когда появляется mod_rewite и когда mod_substitute.

Оба модуля используются для разных целей. В документации указано:
mod_substitute
Perform search and replace operations on response bodies
Это значит:
mod_rewrite
Provides a rule-based rewriting engine to rewrite requested URLs on the fly
Это значит:
По личному опыту скажу, что на 99,9% вы будете работать с mod_rewrite в проектах AEM.
Ссылки