Mongo Query с условиями

Вы можете использовать 2 запроса updateOne, один с $ne и $set, а другой с $pushодин за другим. Это все равно сделает операцию "атомарной", даже если вы используете более 1 узла приложения:

db.test.updateOne(
    {
        name: 'name1',
        'sources.site': 'www.example3.com'
    },
    {
        $set: {
            'sources.$.last_seen_date': new Date()
        }
    }
)


db.test.updateOne(
    {
        name: 'name1',
        'sources.site': {$ne: 'www.example3.com'}
    },
    {
        $push: {
            sources: {
                site: 'www.example3.com',
                first_seen_date: new Date(),
                last_seen_date: new Date(),
            }
        }
    }
)

К сожалению, $addToSet по объектному ключу недоступен. Это могло бы значительно облегчить эту проблему. Похоже, что эта функция давно открыта: https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-13841