MySql и вставка данных в таблицу ссылок, как это сделать?

Что ж, если у вас есть возможность использовать таблицы InnoDB (вместо MyISAM), вы можете использовать транзакции. Вот примерный код

<?php

//  Start a transaction
mysql_query( 'begin' );

//  Execute the queries
if ( mysql_query( "insert into table_one (col1, col2) values('hello','world')" ) )
{
    $pk1 = mysql_insert_id();
    if ( mysql_query( "insert into table_two (col1, col2) values('foo', 'bar')" ) )
    {
        $pk2 = mysql_insert_id();
        $success = mysql_query( "insert into link_table (fk1, fk2) values($pk1, $pk2)" );
    }
}

//  Complete the transaction
if ( $success )
{
    mysql_query( 'commit' );
} else {
    mysql_query( 'rollback' );
}

Если вы не можете использовать таблицы InnoDB, я предлагаю изучить шаблон Единица работы.

ваша проблема здесь:

SELECTs that return me the last row of each tables.

если вы сделали что-то вроде этого: SELECT MAX (id) FROM table, вы можете получить неправильный идентификатор для своей транзакции.

Это обычное отношение "многие ко многим"

как говорит BaileyP, вам следует использовать функцию mysql_insert_id ().

в http://ar2.php.net/mysql_insert_id

ты можешь читать

Retrieves the ID generated for an AUTO_INCREMENT column by the previous INSERT query.

так что не волнуйтесь, вставляет ли другой процесс строку в ту же таблицу. вы всегда будете получать последний идентификатор вашего текущего соединения.