Найдите шаблон в определенном месте в строке и замените его чем-то другим в Java

Один из вариантов - использовать формальный сопоставитель шаблонов регулярных выражений, а затем перебирать входную строку в поисках совпадений aa. Когда мы попадаем в совпадение второй, делаем замену aa на bb, в противном случае просто заменяем исходное значение на aa.

String input = "aaaa aa";
Pattern pattern = Pattern.compile("aa");
Matcher matcher = pattern.matcher(input);
StringBuffer buffer = new StringBuffer();

int num = 0;
while(matcher.find()) {
    String replace = num == 1 ? "bbb" : "aa";
    matcher.appendReplacement(buffer, replace);
    ++num;
}

matcher.appendTail(buffer);
System.out.println(buffer.toString());

aabbb aa

Класс String имеет метод indexOf. Этот метод существует в двух вариантах: в первом вы просто указываете иглу (строку, которую хотите искать), а метод возвращает позицию первого символа в стоге сена (строку, которую вы ищете), которая соответствует вашему шаблону.

Второй вариант принимает два параметра: шаблон и позицию, с которой нужно начать.

Итак, вы можете сделать что-то вроде этого:

void replaceSecondOccurrence(String haystack, String needle, String replacement) {
    int occurenceToReplace = 2;
    int pos = -1;
    while (true) {
        pos = haystack.indexOf(needle, pos + 1);
        if (pos == -1) {
            // There is no second occurence. Just return the haystack.
            return haystack;
        }
        if (--occurenceToReplace == 0) return
            haystack.substring(0, pos) +
            replacement +
            haystack.substring(pos + needle.length());
    }
}