Не могу вернуться из функции

Ваш запрос является асинхронным, поэтому функция неявно вернет неопределенный до завершения запроса.

Поэтому вам нужно будет использовать обратные вызовы или промисы.

Вы можете использовать такие обратные вызовы:

// Accept a callback function as an argument
get_ally_online_players: function (guild, callback) {

  con.query("SELECT * FROM user_dbs WHERE guild='"+ guild +"'", function (err, result, fields) {

    var con2 = mysql.createConnection({
      host: result[0].host,
      user: result[0].username,
      password: result[0].password,
      database: result[0].database
    })

    con2.connect()

    con2.query("SELECT * FROM characters WHERE online='1' AND race=1 OR race=3 OR race=4 OR race=7 OR race=11", function (err, result, fields) {
      allycount = 0
      console.dir(result)
      result.forEach(function(result) {
         allycount = allycount+1
      })

      // Pass the result to the callback function
      callback(allycount)
    })

    con2.end()
  })
}

...а затем передайте функцию обратного вызова в get_ally_online_players, которая будет получать данные, когда они будут готовы:

if (recieved.content === "!status") {
  var horde_players
  var ally_players
  horde_players = guilddb.get_horde_online_players("585919060722712670")

  // Pass a callback function that will receive the data when ready
  guilddb.get_ally_online_players("585919060722712670", function(ally_players) {
    console.info(ally_players)
    recieved.channel.send(ally_players + " : " + horde_players)
  })

}

Надеюсь, это поможет.

Прежде всего, извините за мой английский.

На самом деле вы совершаете некоторые ошибки.

Вы совершили ошибку, присвоив значения значениям horde_players и ally_players.

if (recieved.content === "!status") {
    var horde_players
    var ally_players
    horde_players = guilddb.get_horde_online_players("585919060722712670")
    ally_players = guilddb.get_ally_online_players("585919060722712670")
    console.info(guilddb.test())
    //console.info(ally_players)
    recieved.channel.send(ally_players + " : " + horde_players)
}

С (==) вы сравниваете значения, а не устанавливаете.

Теперь поговорим об асинхронных операциях.

Я подготовил пример. Это похоже на то, как в вашем случае вы пытаетесь запустить две асинхронные операции, которые могут завершиться в разное время, но вам нужно, чтобы обе они были завершены, прежде чем запускать что-то еще. Попробуйте запустить его:

function async1(id, callback) {
    setTimeout(function() {
        callback('The user with ' + id + ' is called Sergio');
    }, 6000);
}

function async2(id, callback) {
    setTimeout(function() {
        callback('The user with ' + id + ' is called Jack');
    }, 2000);
}

var result1;
var result2;

async1(1, function(result) {
    result1 = result;
});

async2(2, function(result) {
    result2 = result;
});
console.info('Finished result: ' + result1 + result2); // Finished result: undefined undefined

Готовый результат был запущен до завершения обеих асинхронных операций. Плохо...

С обратными вызовами нам нужно вложить функции (если бы вам пришлось выполнять больше асинхронных операций, вы могли бы попасть в ад обратных вызовов).

function async1(id, callback) {
    setTimeout(function() {
        callback('The user with ' + id + ' is called Sergio');
    }, 6000);
}

function async2(id, callback) {
    setTimeout(function() {
        callback('The user with ' + id + ' is called Jack');
    }, 2000);
}

var result1;
var result2;

async1(1, function(result) {
    result1 = result;

    async2(2, function(result) {
        result2 = result;
        console.info('Finished result: ' + result1 + result2); // 'Finished result: The user with 1 is called SergioThe user with 2 is called Jack
    });
});

Для вашего случая это было бы моим решением. Возможно, я бы улучшил больше вещей, таких как использование const-let и функций ES6 (асинхронное ожидание, функции стрелок...), передача параметров коннекторов базы данных через параметры... но, возможно, теперь вам легче понять

var guilddb = {
    get_horde_online_players: function(guild, callback) {
        callback('Implement me!');
    },
    get_ally_online_players: function(guild, callback) {
        con.query("SELECT * FROM user_dbs WHERE guild='" + guild + "'", function (err, result, fields) {
            var con2 = mysql.createConnection({
                host: result[0].host,
                user: result[0].username,
                password: result[0].password,
                database: result[0].database
            });

            con2.connect();

            con2.query("SELECT * FROM characters WHERE online='1' AND race=1 OR race=3 OR race=4 OR race=7 OR race=11", function (err, result, fields) {
                var allycount = 0;
                console.dir(result);
                result.forEach(function(result) {
                    allycount = allycount+1
                });

                con2.end();
                callback(allycount);
            });
        });
    }
}

if (recieved.content === "!status") {
    guilddb.get_horde_online_players("585919060722712670", function(result) {
        var horde_players = result;

        guilddb.get_ally_online_players("585919060722712670", function(result) {
            var ally_players = result;
            console.info(guilddb.test());
            console.info(ally_players);
            recieved.channel.send(ally_players + " : " + horde_players);
        });
    });
}

Надеюсь, поможет.