Несколько полей @ElementCollection с дискриминатором?

Вы можете использовать аннотацию @Where, но поскольку вы используете @CollectionTable, вам нужно немного изменить сопоставление.

Это сопоставление будет работать:

    @Entity
    class Game {

        @Id
        public Long id;

        @ElementCollection
        @CollectionTable(name = "game_player_team", joinColumns = {@JoinColumn(name = "game_id")})
        @Column(name = "player_id")
        @Where(clause = "team = 'H'")
        public List<Player> homePlayerIds;

        @ElementCollection
        @CollectionTable(name = "game_player_team", joinColumns = {@JoinColumn(name = "game_id")})
        @Where(clause = "team = 'A'")
        @Column(name = "player_id")
        public List<Player> awayPlayerIds;
    }

    @Embeddable
    class Player {
        @Column(name = "player_id")
        public Long playerId;
        public String team;

        public Player() {
        }

        public Player(Long playerId, String team) {
            this.playerId = playerId;
            this.team = team;
        }
    }

Обратите внимание, что для ассоциаций обычно используется @WhereJoinTable, но, когда я тестировал его, он не работал с @CollectionTable.

Вы можете попробовать использовать что-то вроде этого:

import org.hibernate.annotations.Where;
import javax.persistence.ElementCollection;
import javax.persistence.JoinColumn;
import javax.persistence.JoinTable;


@Entity
class Game {
    
    @Id
    private Long id

    @ElementCollection
    @JoinTable(name = "game_player_team", 
               joinColumns = @JoinColumn(name = "game_id"))
    @Where(clause = "team = 'H'")
    @Column(name = "player_id")
    private List<Long> homePlayerIds;

    @ElementCollection
    @JoinTable(name = "game_player_team", 
               joinColumns = @JoinColumn(name = "game_id"))
    @Where(clause = "team = 'A'")
    @Column(name = "player_id")
    private List<Long> awayPlayerIds;
}

См. также эту часть документации по гибернации.