Могу ли я использовать NHibernate.Search только с индексом lucene без базы данных? Потому что я хотел бы хранить все данные только в своем индексе lucene, но мне очень нравятся функции NHibernate.Search.





Не совсем, так как они тесно связаны. Суть интеграции NHSearch / Lucene.NET / NHibernate в том, что вы можете выполнять полнотекстовый поиск, но возвращаемые результаты являются объектами домена, то есть из базы данных.
Таким образом, без сохранения их в базе данных NHSearch не сможет раздуть объекты домена, которые он находит в индексе Lucence.
Еще один подход - взглянуть на одну из баз данных документов, такую как Raven.