Обновление элемента кнопки как таймера обратного отсчета через javascript

Я могу найти три ошибки, которые мешают правильному выполнению вашего кода.

Несколько таймеров

Во-первых, поскольку вы вызываете как setInterval во внешней области видимости, так и setTimeout после каждой выполненной итерации, вы в конечном итоге получите множество нежелательных экземпляров таймера, которые будут делать за вас сумасшедшие подсчеты.

Я рекомендую вам отказаться от любого из них и придерживаться только одного из них. В моем примере я придерживался setInterval, так как вы все равно выполняете один и тот же метод снова и снова.

Инициализация

Поскольку presentTime объявлен внутри функции startTimer, он будет постоянно перезаписываться на 17 + ":" + 00 (в результате получается "17:0", кстати). Это решается путем объявления его во внешней области видимости.

Вспоминая изменения

Наконец, вам нужно сохранить текущее состояние presentTime после внесения изменений. Простое добавление presentTime = [m,s].join(":"); в конец startTimer() решает эту проблему.

var presentTime = "17:00";

function startTimer() {
    var timeArray = presentTime.split(/[:]+/);
    var m = timeArray[0];
    var s = checkSecond((timeArray[1] - 1));
    if (s == 59) {
        m = m - 1
    }

    var button2 = document.createElement("Button2");
    var interval = s;
    button2.innerHTML = m + ":" + s;

    button2.style = "top:0; left:0rem; height:10% ;color: black; background-color: #ffffff;position:fixed;padding:20px;font-size:large;font-weight: bold;";

    document.body.appendChild(button2);
    presentTime = [m,s].join(":");
}

function checkSecond(sec) {
    if (sec < 10 && sec >= 0) {
        sec = "0" + sec
    }; // add zero in front of numbers < 10
    if (sec < 0) {
        sec = "59"
    };
    return sec;
}

var interval = setInterval(startTimer, 1000);