Передача args (аргументов) в приложение оконной формы

Вы запускаете его прямо из командной строки? Если так, я ожидал, что это сработает нормально. (Кстати, я предполагаю, что вы используете параметры из метода Main?)

Например, вот небольшое тестовое приложение:

using System;

class Test
{
    static void Main(string[] args)
    {
        foreach (string arg in args)
        {
            Console.WriteLine(arg);
        }
    }
}

Исполнение:

>test.exe first "second arg" third
first
second arg
third

Это консольное приложение, но между ним и WinForms нет разницы в том, что передается методу Main.

MSDN говорит, что он должен работать так, как вы упомянули.

class CommandLine
{
    static void Main(string[] args)
    {
        // The Length property provides the number of array elements
        System.Console.WriteLine("parameter count = {0}", args.Length);

        for (int i = 0; i < args.Length; i++)
        {
            System.Console.WriteLine("Arg[{0}] = [{1}]", i, args[i]);
        }
    }
}

Как вы выполняете свою заявку?
Если вы запустите его из другого приложения, возможно, вы забыли правильно отформатировать строку аргумента:

String arguments = "First \"Sec ond\" Third Fourth \"Fi fth\""

будет иметь пять аргументов, тогда как

String arguments = "First Sec ond Third Fourth Fi fth"

было бы семь.

Если аргументы находятся в свойстве цели ярлыка, то применяется то же самое:

"C:\My Path\MyApplication.exe" "Argument 1" Argument2 Argument3 "Argument 4"

вместо

"C:\My Path\MyApplication.exe" Argument 1 Argument2 Argument3 Argument 4