Передача параметров в скрипт python через php

Вам необходимо убедиться, что создаваемая вами строка аргумента отформатирована с пробелами, разделяющими ключи и значения. Включение переменной $item в командную строку не поможет. Вместо этого следует использовать подход, аналогичный Вот этот, для построения строки, содержащей имена аргументов CLI и аргументы, разделенные пробелами.

Непроверенный пример:

$arguments = "";
foreach ($item as $key => $value) {
    $arguments .= sprintf(" %s %s" , $key , $value);
}
echo shell_exec("python quikkly-generate-code.py $arguments")

Таким образом, очевидно, вы не можете поместить массив в строку и ожидать вывода, но точно так же вы не должны просто поместить строку в команду. Вам нужно сбежать от своих ценностей, чтобы предотвратить возможные проблемы из-за специальных символов, пробелов и т. д.

Просто запустите массив и создайте строку командной строки следующим образом:

$item = array(
    '--native-libs-dir' => "/home/gdqupqmy/quikklyLib/",
    '--type' => "template0001style1",
    '--data'=> "12345",
    '--join' => "horizontal",
    '--output-file' => "/home/gdqupqmy/quikklyLib/saavr-12345.svg"
);
$args = "";
foreach ($item as $k=>$v) {
    $args .= " $k " . escapeshellarg($v);
}
$cmd = "/usr/bin/python /full/path/to/quikkly-generate-code.py $args";
$result = exec($cmd, $output, $return);
printf("Command exited with code %d, full output follows: %s", $return, print_r($output,1));

Это гарантирует, что все значения заключены в кавычки и экранированы. (Я сделал предположение, что ключи массива являются фиксированными значениями и поэтому не опасны, если это не так, их также можно запустить escapeshellarg.)