Перекрывающиеся переменные ggbiplot
Я не могу заставить метки переменных не пересекаться с ggbiplot
(с использованием RStudio 1.1.463 и R версии 3.5.3)
Я запускаю PCA с prcomp, но я получаю перекрытие меток переменной:
Вот пример:
library(ggbiplot)
data(wine)
wine_subset<-subset(wine[,c(6:7,9,12)])
wine.pca <- prcomp(wine_subset, scale. = TRUE)
print(ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = wine.class, ellipse = TRUE, circle = TRUE))
Я попытался решить, добавив этот код из пакета ggrepel:
library(ggrepel)
+geom_text_repel(aes(labels=colnames(wine_subset)))
но он возвращает следующую ошибку:
Warning: Ignoring unknown aesthetics: labels Error: Aesthetics must be either length 1 or the same as the data (178): labels
Мне кажется, что он пытается взять метки строк, но они мне не нужны в сюжете. Мне нужны только метки переменных.
Спасибо за ответ. Проблема перекрытия связана с метками переменных. Мне не нужны метки строк на графике.
Извините, теперь я вижу проблему. Это хак, но он работает: colnames(wine_subset)[2] <- "\nFlav"
Спасибо! не могли бы вы вставить полный код? Я не понимаю, как использовать ваше предложение
Конечно, см. ниже.
Ответы 2
Это хак, который добавляет разрыв строки к одному из имен переменных, чтобы оно не пересекалось с другим:
library(ggbiplot)
data(wine)
wine_subset<-subset(wine[,c(6:7,9,12)])
colnames(wine_subset)[2] <- "\nFlav" # new line
wine.pca <- prcomp(wine_subset, scale. = TRUE)
print(ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = wine.class, ellipse = TRUE, circle = TRUE))
Просто убедитесь, что для построения графика используется только новое имя столбца.
Я нашел лучшее решение с пакетом укрепить, который имеет простой параметр loads.label.repel:
library(ggbiplot) #just for using the same example database as before
library(ggfortify)
data(wine)
wine_subset<-subset(wine[,c(6:7,9,12)])
wine.pca <- prcomp(wine_subset, scale. = TRUE)
wine$wine.class <- wine.class #adding wine classes to wine data frame
autoplot(wine.pca, data=wine, colour = "wine.class", loadings = TRUE, loadings.colour = 'brown',
loadings.label.colour='brown', loadings.label = TRUE, loadings.label.size = 4,
loadings.label.repel=TRUE)+stat_ellipse(type = "norm",
level=0.68,aes(color=wine.class))
Здесь есть несколько проблем:
geom_text_repel()предназначен для устранения перекрывающихся меток, которых я здесь не вижу. Также я не понимаю, как эта функция будет работать со специализированным графиком, таким какggbiplot(), поскольку у вас нет доступа к координатамxиy, которые вам нужно указать вgeom_text_repel(). Наконец, вы не можете установить отображениеggplot2на вектор; это должен быть столбец вашего набора данных. Если вас беспокоит, что метки перекрывают точки, вы можете рассмотреть возможность установки альфа-канала, чтобы сделать точки более прозрачными.