Почему 1 в [2,3] истинно в javascript, а 2 в [2,3] - ложно

in проверяет индекс

начало индекса с нуля

1 in [2,3] означает, есть ли в этом массиве индекс 1, что верно

в основном он проверяет ключи в объекте, простыми словами, а в индексах массивов находятся ключи

Потому что in проверяет "ключи". В вашем массиве есть "ключик" 1. (ключи - это индекс в массиве)

Не используйте in для проверки наличия элемента в массиве, вместо этого in используется для объектных литералов.

Вместо этого используйте includes()

console.info([2,3].includes(1));