Подпись к рисунку набрана неправильно

Вы отключаете переносы для своих подписей с помощью justification=raggedright в настройках подписи. Либо удалите это полностью, чтобы получить выравнивание текста для всех подписей, либо локально переключитесь обратно на текст с дефисом для определенных подписей. То же самое касается размера шрифта.

\documentclass[12pt]{article}

\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[a4paper,lmargin = {2.5cm},rmargin = {2.5cm},tmargin = {2.5cm},bmargin =
{2.5cm}]{geometry}

\usepackage{setspace}
\onehalfspacing

\usepackage[parfill]{parskip}
\usepackage{tabularx}
\usepackage{caption}
\DeclareCaptionLabelSeparator{period-newline}{. \\}
\captionsetup{labelfont = {small,bf}, labelsep=period, format=plain, labelsep=period-newline, justification=justified,singlelinecheck=false,font=footnotesize}

\usepackage{floatrow}
\floatsetup[table]{font=small, position=top}

\usepackage{booktabs}
 
\newcolumntype{Y}{>{\centering\arraybackslash}X}



\begin{document}

Lorem ipsum dolor sit amet,     
consectetur adipiscing elit. Mauris dolor dui, lacinia sodales condimentum nec, 
malesuada     vel libero. Vivamus eget ipsum non lacus lacinia tincidunt sit amet eu 
metus. Fusce venenatis accumsan dui, ac commodo lorem aliquam ut. Curabitur volutpat 
urna purus. Nullam in ex sed enim feugiat ornare. Fusce sit amet auctor enim. 
Praesent nec ex eu massa feugiat tristique..

\begin{table}[h]
\caption[short version for list of tables]{{\small \textbf{Title.}\smallskip\par} Lorem ipsum dolor sit amet,     
consectetur adipiscing elit. Mauris dolor dui, lacinia sodales condimentum nec, 
malesuada     vel libero. Vivamus eget ipsum non lacus lacinia tincidunt sit amet eu 
metus. Fusce venenatis accumsan dui, ac commodo lorem aliquam ut. Curabitur volutpat 
urna purus. Nullam in ex sed enim feugiat ornare. Fusce sit amet auctor enim. 
Praesent nec ex eu massa feugiat tristique..}
\centering 
\begin{tabularx}{\textwidth}{lYYYYYYYYYYY}
\toprule
& 1 & 2 & 3 & 4 & 5 & 6 & 7 & 8 & 9 & 10\\
\midrule
Low & 1 & 1 & 1 & 1 & 1 & 1 & 1 & 1 & 1 & 1\\
2 & 1 & 1 & 1 & 1 & 1 & 1 & 1 & 1 & 1 & 1\\
3 & 1 & 1 & 1 & 1 & 1 & 1 & 1 & 1 & 1 & 1\\
\bottomrule
\end{tabularx}
\end{table}
\end{document}