Предпочитаемые протоколы для загрузки статических файлов на ваш сервер Apache?

Я бы пошел с SCP.

Вы даже можете использовать для этого Filezilla и сделать вид, что это небезопасный FTP: http://filezilla-project.org/

SSH / SCP. Это просто, быстро, бесплатно и может быть настолько безопасно, насколько вы хотите. Альтернативами являются FTP (хахахаха, да, верно) и отправка файлов через HTTPS.

Я даю веб-разработчикам инструкции по использованию клиента sftp / scp и оболочки входа с использованием scponly. Таким образом они получают доступ к загрузке файлов, но меня меньше беспокоит, что они делают плохие вещи с веб-сервером.

Я использую конфигурацию ssh, чтобы ограничить пользователей sftp на сервере разработки, затем использую контроль версий, чтобы просмотреть изменения и переместить их в производство с помощью полученного патча формата

Мы выполняем развертывание с помощью Capistrano, который afaik выполняет всю свою работу через git (через SSH) - по крайней мере, в нашем сценарии развертывания так и есть.