Преобразование строки в форматированный массив

Вы можете использовать parse_str() для синтаксического анализа параметров, затем зациклиться на массиве и explode() для ключа, чтобы получить имя ключа и номер ключа отдельно.

parse_str("ref_1=000CBA0000&name_1=Produto%20A&quantity_1=1&ref_2=000CBA0000&name_2=Produto%20A&quantity_2=1&ref_3=000CBA0000&name_3=Produto%20A&quantity_3=1", $arr);


foreach($arr as $key => $val){
    $temp = explode("_", $key);
    $new[$temp[1]][$temp[0]] = $val;
}
var_dump($new);

Дает:

array(3) {
  [1]=>
  array(3) {
    ["ref"]=>
    string(10) "000CBA0000"
    ["name"]=>
    string(9) "Produto A"
    ["quantity"]=>
    string(1) "1"
  }
  [2]=>
  array(3) {
    ["ref"]=>
    string(10) "000CBA0000"
    ["name"]=>
    string(9) "Produto A"
    ["quantity"]=>
    string(1) "1"
  }
  [3]=>
  array(3) {
    ["ref"]=>
    string(10) "000CBA0000"
    ["name"]=>
    string(9) "Produto A"
    ["quantity"]=>
    string(1) "1"
  }
}

https://3v4l.org/WVGiv

Как упоминает Сид, это будет работать до тех пор, пока в имени клавиш есть знак подчеркивания, разделяющий имя и число, именно в таком порядке. Если это не так, он потерпит неудачу.

Вот код, который будет делать то, что вы просили, и независимо от того, сколько параметров (и в каком порядке) будет иметь ваша строка:

$string = "ref_1=000CBA0000&name_1=Produto%20A&quantity_1=1&ref_2=000CBA0000&name_2=Produto2%20A&quantity_2=2&ref_3=000CBA0000&name_3=Produt3o%20A&quantity_3=3";

parse_str($string, $paramsArray);

$result = [];

foreach ($paramsArray as $key => $item) {
    if (strpos($key, 'ref_') !== false) {
        $itemNumber = substr($key, strpos($key, "ref_") - 1);
        $result[] = [
          'ref' => $key,
          'name' =>  $paramsArray['name_'.$itemNumber],
          'quantity' =>  $paramsArray['quantity_'.$itemNumber],
        ];

    }
}

в результате у вас будет необходимый формат:

[
    [1]
        ref => <copy the value from ref_1>
        name => <copy the value from name_1>
        quantity => <copy the value from quantity_1>
    [2]
        ref => <copy the value from ref_2>
        name => <copy the value from name_2>
        quantity => <copy the value from quantity_2>

    [3] 
        ref => <copy the value from ref_3>
        name => <copy the value from name_3>
        quantity => <copy the value from quantity_3>
]