Преобразование выходных данных нескольких моделей в таблицы регрессии

По разным причинам у меня есть доступ только к объектам model_coeffs и model_summary ниже. Они образуют объекты broom::tidy() и broom::glance() соответственно. Другими словами, у меня нет доступа к базовым объектам lm/glm, но есть доступ к model_coeffs и model_summary в виде файлов .csv. Для воспроизводимого примера я предоставил код, чтобы другие могли добраться до той же точки.

library(tidyverse)

pairings <- tidyr::expand_grid(
  lhs = c('vs', 'am'),
  rhs = c('hp', 'hp + drat', 'hp + drat + wt', 'hp + drat + wt + qsec')
)

pairings <- pairings %>%
  dplyr::mutate(
    formula = map2(lhs, rhs, ~ as.formula(paste(.x, "~", .y))),
    model = map(formula, ~ glm(.x, family = binomial(link = "logit"), data = mtcars)),
    tidied_model = map(model, \(x) broom::tidy(x, conf.int = T, exp = T)),
    model_summaries = map(model, broom::glance),
    r_squared_nagelkerke = map(model, performance::r2_nagelkerke),
    r_squared_tjur = map(model, performance::r2_tjur),
    model_name = map_chr(formula, deparse),
    model_number = case_when(
      str_count(model_name, "\\+") == 0 ~ 'Model 1',
      str_count(model_name, "\\+") == 1 ~ 'Model 2',
      str_count(model_name, "\\+") == 2 ~ 'Model 3',
      str_count(model_name, "\\+") == 3 ~ 'Model 4'
    )
  ) %>% 
  dplyr::select(-formula, -model)

model_coeffs <- pairings %>% 
  dplyr::select(-model_summaries, -r_squared_nagelkerke, -r_squared_tjur) %>%
  tidyr::unnest(c(tidied_model),   names_repair = "unique") 

model_summary <- pairings %>% 
  dplyr::select(-tidied_model) %>% 
  tidyr::unnest(c(model_summaries, r_squared_nagelkerke, r_squared_tjur))

Как я могу преобразовать model_coeffs и model_summary во что-то вроде этого? Это не обязательно должно быть именно так, плюс к нему следует добавить некоторую сводную информацию о модели. Может ли {modelsummary} это сделать? Я пытался следовать инструкциям здесь , но безрезультатно.

Обновлено: Спасибо @Vincent. Используя пакет {modelsummary}, вы можете обмануть его, заставив поверить, что он принадлежит к классу (modelsummary_list)


# Filtering data for outcome 'vs'
model_coeffs_vs <- model_coeffs %>%
  filter(lhs == "vs")
model_summary_vs <- model_summary %>%
  filter(lhs == "vs")

# Creating a list of unique model numbers
model_numbers <- unique(model_coeffs_vs$model_number)

# Creating a list of modelsummary_list objects
model_list <- map(model_numbers, function(model_num) {

  # Extract tidy data
  tidy_data <- model_coeffs_vs %>%
    filter(model_number == !!model_num) %>%
    mutate("OR" = estimate,
           estimate = log(estimate))
  
  # Extract glance data
  glance_data <- model_summary_vs %>%
    filter(model_number == !!model_num) %>%
    select(-c(lhs, rhs, model_number, model_name)) %>%
    rename(
      `Sample size` = nobs,
      "Pseduo R<sup>2</sup> (Nagelkerke)" = r_squared_nagelkerke, 
      "Pseudo R<sup>2</sup> (Tjur)" = r_squared_tjur)
  
  # Create the modelsummary_list object
  mod <- list(
    tidy = tidy_data,
    glance = glance_data
  )
  
  class(mod) <- "modelsummary_list"
  
  return(mod)
})

# Naming models with model numbers
names(model_list) <- set_names(model_numbers)

# Use modelsummary to summarize the models

modelsummary(model_list,
             shape = term ~ model + statistic,
             coef_omit = "Intercept",
             statistic = c("Odds ratio" = "OR", 
                           "S.E." = "std.error"),
             coef_rename = c(
               "drat" = "Rear axle ratio", 
                             "hp" = "Horsepower",
                             "wt" = "Weight",
                             "qsec" = "1/4 mile time"),
             notes = list('Text of the first note.', 
                          'Text of the second note.')
)
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2023-2024 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
0
0
53
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Самый простой способ сделать это — сохранить ваши данные в формате, который modelsummary автоматически распознает: объект modelsummary_list. Эта стратегия описана здесь:

https://modelsummary.com/vignettes/modelsummary_extension.html

Вот минимальный пример:

library(modelsummary)

models <- list(
    glm(am ~ hp, data = mtcars, family = binomial),
    glm(am ~ hp + wt, data = mtcars, family = binomial)
)

results <- list()
for (i in seq_along(models)) {
    results[[i]] <- list()
    class(results[[i]]) <- "modelsummary_list"
    results[[i]][["tidy"]] <- data.frame(
        "term" = names(coef(models[[i]])),
        "estimate" = coef(models[[i]]),
        "OR" = exp(coef(models[[i]])),
        "std.error" = sqrt(diag(vcov(models[[i]]))))
    results[[i]][["glance"]] <- data.frame(nobs = nobs(models[[i]]))
}

modelsummary(results,
    statistic = c("OR", "std.error"),
    shape = term ~ model + statistic)

+-------------+--------+-------+-------+--------+--------------+-------+
|             | (1)                    | (2)                           |
+-------------+--------+-------+-------+--------+--------------+-------+
|             | Est.   | OR    | S.E.  | Est.   | OR           | S.E.  |
+=============+========+=======+=======+========+==============+=======+
| (Intercept) | 0.777  | 2.174 | 0.915 | 18.866 | 1.561455e+08 | 7.444 |
+-------------+--------+-------+-------+--------+--------------+-------+
| hp          | -0.008 | 0.992 | 0.006 | 0.036  | 1.037000e+00 | 0.018 |
+-------------+--------+-------+-------+--------+--------------+-------+
| wt          |        |       |       | -8.083 | 0.000000e+00 | 3.069 |
+-------------+--------+-------+-------+--------+--------------+-------+
| Num.Obs.    | 32     |       |       | 32     |              |       |
+-------------+--------+-------+-------+--------+--------------+-------+ 

Благодарю за ваш ответ! Мне следовало бы прояснить, что в моем случае использования у меня больше нет доступа к данным, я могу получить доступ только к CSV (т. е. к объектам model_coeffs и model_summary) как к тибблам, однажды импортированным в R. Поэтому я не понимаю, как я мог бы запустить модели <- list( glm(am ~ hp, data = mtcars, Family = Binomial), glm(am ~ hp + wt, data = mtcars, Family = Binomial)) бит, который вы предлагаете. Это всего лишь вопрос разрешений, когда данные доступны только через защищенный сервер, и любая сводная статистика/модели должны быть «одобрены» и «очищены» независимой службой.

allen.joseph 21.05.2024 20:15

Да, я это понял. Это всего лишь минимальный пример. Ключевым моментом является то, что каждая модель должна быть отдельным объектом класса modelsummary_list() с элементами tidy и glance. Здесь я создаю эти отдельные объекты с помощью coef(models[[i]]), но вы можете предоставлять данные в любом доступном вам формате.

Vincent 21.05.2024 22:20

Большое спасибо. Я отредактировал сообщение с учетом ваших предложений. Пакет потрясающий! Когда таблица была изменена, можно ли каким-либо образом выровнять сводную статистику модели по центру: например. лайк это , а не лайк это

allen.joseph 22.05.2024 12:08

Большой! К сожалению, я не могу придумать, как добиться этого прямо сейчас. Я открыл проблему на Github, но это может быть сложно... github.com/vincentarelbundock/modelsummary/issues/769

Vincent 22.05.2024 13:05

Другие вопросы по теме