Проблема фильтрации вложенных массивов JavaScript

Когда вы используете:

 let clone = [];

в верхней части обратного вызова reduce() вы выбрасываете аккумулятор - массив, который продолжает передаваться в цикле, который передается как f в вашем коде. Вы должны использовать один и тот же аккумулятор reduce каждый раз и вставлять в него. В конце у вас будет массив всех значений:

let arr = [{"Id": "8868dfdd-9b4e-4bad-a4ce-ecae6a3cc828","Name": "Company 1","Locations": [{"Id": "bd017b9c-b62e-43aa-9f00-c164a855eed1","Name": "Location 1","Departments": [{"Id": "c9e4afe3-bbdb-474f-9062-2935025bfa2e","Name": "Department 1","Employees": [{"Id": "92c3a085-5712-422d-8b0f-922b57889c4f","Name": "Employee 1","Title": "FrontEnd Engineer","Location": "New York","Photo": ""}]}]}]}]

let emp = arr.reduce((f, obj) => {
  obj.Locations.forEach(location => 
    location.Departments.forEach(department => 
      f.push(...department.Employees.filter(emp => emp.Name == "Employee 1"))
    )
  )
  return f
}, []) // <-- this array will get passed to every loop as `f`

console.info(emp)

ИЗМЕНИТЬ на основе комментария

Если вы хотите сохранить структуру, вы можете фильтровать массивы на основе длины отфильтрованного массива под ними. Вот пример с некоторыми дополнительными данными, см. Работу фильтрации. Первый полностью фильтруется, в третьем - два сотрудника с одинаковыми именами. По сути, он сохранит любой элемент в местоположении, в котором есть отдел, в котором есть соответствующий сотрудник:

let arr = [
  {"Id": "someother","Name": "Company 2","Locations": [{"Id": "loc2Id","Name": "Location 2","Departments": [{"Id": "d2","Name": "Department 2","Employees": [{"Id": "emp","Name": "Employee 2","Title": "FrontEnd Engineer","Location": "New York","Photo": ""}]}]}]}, 
  {"Id": "8868dfdd-9b4e-4bad-a4ce-ecae6a3cc828","Name": "Company 1","Locations": [{"Id": "bd017b9c-b62e-43aa-9f00-c164a855eed1","Name": "Location 1","Departments": [{"Id": "c9e4afe3-bbdb-474f-9062-2935025bfa2e","Name": "Department 1","Employees": [{"Id": "92c3a085-5712-422d-8b0f-922b57889c4f","Name": "Employee 1","Title": "FrontEnd Engineer","Location": "New York","Photo": ""}]}]}]},
  {"Id": "someother","Name": "Company 2","Locations": [{"Id": "loc2Id","Name": "Location 2","Departments": [{"Id": "d2","Name": "Department 2","Employees": [{"Id": "emp","Name": "Employee 1","Title": "FrontEnd Engineer","Location": "New York","Photo": ""}, {"Id": "emp","Name": "Employee 1","Title": "FrontEnd Engineer 2","Location": "New York","Photo": ""}]}]}]}, 
]


let f = []
let emp = arr.filter(arr => 
  arr.Locations.filter(location => 
    location.Departments.filter(department => {
      let emp = department.Employees.filter(emp => emp.Name == "Employee 1")
      return emp.length ? emp: false 
    }
    ).length
  ).length
) // <-- this array will get passed to every loop as `f`

console.info(emp)

Вот еще одна короткая версия с использованием карты:

var rx=new RegExp(search,'i'),emp=[];
obj.map(c=>
 c.Locations.map(l=>
 l.Departments.map(d=>
 d.Employees.map(e=>
  {if (e.Name.match(rx)) emp.push(e)}
))));

search содержит шаблон поиска без учета регистра. Результатом является emp, массив объектов сотрудников.

Как упоминалось выше, map на самом деле не нужна и может быть заменена на forEach, но, на мой взгляд, ее проще написать и на самом деле она не вызывает значительно больших накладных расходов.

Редактировать, на этот раз с использованием reduce():

Сейчас Рождество, и у меня слишком много времени, и я продолжаю играть. Следующее решение отфильтрует искомых сотрудников, не показывая их несовпадающих коллег и оставляя исходный массив нетронутым:

const rd=(prop,fun)=>
             (a,el)=>{
var arr=el[prop].reduce(fun,[]);
if (arr.length){
  var r=Object.assign({},el);
// alternatively: use spread operator
// var r = {...el};
  r[prop]=arr;a.push(r);}
return a;}

var rx=new RegExp('employee 1','i');

 var f=ma.reduce(
  rd('Locations',
  rd('Departments',
  rd('Employees',(a,e)=>{
     if (e.Name.match(rx))
      a.push(e);
     return a;}
,[]),[]),[]),[]);

f будет содержать массив, содержащий только те местоположения, отделы и сотрудников, где сотрудники будут соответствовать регулярному выражению rx.

rd() - это функция генератора, возвращающая фактические функции фильтрации, которые используются на трех разных уровнях reduce.

Статическая функция Object.assign() - это простой способ создания неглубокой копии объекта (аналогично методу slice() для массивов).