Проблема с высотой CollectionView

sizeForItemAt вызывается для каждого предмета в вашей коллекции. Этот код:

if let flowLayout = collectionview.collectionViewLayout as? UICollectionViewFlowLayout {
    let horizontalSpacing = flowLayout.scrollDirection == .vertical ? flowLayout.minimumInteritemSpacing : flowLayout.minimumLineSpacing
    let cellWidth = (view.frame.width - max(0, numberOfCellsPerRow - 1)*horizontalSpacing)/numberOfCellsPerRow

    flowLayout.itemSize = CGSize(width: cellWidth, height: cellWidth)
}

Похоже, он принадлежит к viewDidLoad или еще где-нибудь, где его вызывали бы только один раз. Более того, если я не ошибаюсь, настройка flowLayout.itemSize используется, когда все элементы имеют одинаковый размер - поэтому ее нельзя комбинировать с реализацией sizeForItemAt (другими словами, я бы удалил ее совсем.

Вот что применяется в итоге:

func collectionView(_ collectionView: UICollectionView, layout collectionViewLayout: UICollectionViewLayout, sizeForItemAt indexPath: IndexPath) -> CGSize {
    return CGSize(width: (self.view.frame.width - 8) / 3.0 , height: (self.view.frame.width - 8) / 3.0)
}

Итак, чтобы изменить высоту ячеек в данном collectionView, просто измените высоту в возвращенном CGSize, например, на collectionView.frame.height, чтобы соответствовать высоте collectionView:

func collectionView(_ collectionView: UICollectionView, layout collectionViewLayout: UICollectionViewLayout, sizeForItemAt indexPath: IndexPath) -> CGSize {
    return CGSize(width: (self.view.frame.width - 8) / 3.0 , height: collectionView.frame.height)
}