Я пытаюсь создать простую функцию, как суммировать некоторые переменные во вложенном наборе данных.
Вот гораздо более простой пример
df <- data.frame(ID=c(1,1,1,1,2,3,3,4,4,4,5,6,7,7,7,7,7,7,7,7),
var=c("A","B","C","D","B","A","D","A","C","D","D","D","A","D","A","A","A","B","B","B"),
N=c(50,50,50,50,298,156,156,85,85,85,278,301,98,98,98,98,98,98,98,98))
Думайте об этом как о кадре данных, содержащем результаты 7 различных исследований. В каждом исследовании изучалась одна или несколько переменных (A, B, C, D). Переменные означают
ID = ID соответствующего исследования.
var = соответствующая переменная, измеренная в каждом исследовании. В некоторых исследованиях измерялась только одна переменная (например, ID=2, которая содержала только b), в некоторых — несколько.
N = размер выборки каждого исследования. То есть каждый ID имеет размер выборки
Я хотел бы создать функцию, которая суммирует три вещи:
k = количество исследований, в которых измерялась каждая переменная (например, «A»)
m = как часто измерялась каждая переменная (независимо от того, измерялась ли переменная в некоторых исследованиях более одного раза) — простая частота.
N = размер выборки для каждой переменной, но только один раз за исследование. То есть дублирование для каждого идентификатора исследования не допускается.
Моя текущая версия (я настоящий нуб, так что простите за форму) дает именно то, что я хочу:
model km N
1 A 4 (7) 389
2 B 3 (5) 446
3 C 2 (2) 135
4 D 6 (6) 968
Например, переменная А измерялась 7 раз, но только в 4 исследованиях (т.е. в исследовании №7 она измерялась несколько раз. Размер (неизбыточной) выборки составил N=389 (не считая нескольких показателей исследования №7 более одного время).
(Примечание: круглые скобки в таблице полезны, так как я намерен скопировать результаты в документ)
Вот текущая версия кода. Проблемы начинаются с части, содержащей трубы
kmn <- function(data, x, ID, N) {
m <-table(data[[x]])
k <-apply(table(data[[x]],data[[ID]]), 1, function(x) length(x[x>0]) )
model <- levels(data[[x]])
km <- cbind(k,m)
colnames(km)<-c("k","m")
km <- paste0(k," (",m,")")
smpsize <- data %>%
group_by(data[[x]]) %>%
summarise(N = sum(N[!duplicated(ID)])) %>%
select(N)
cbind(model,km,smpsize)
}
kmn(data=df, x = "var", ID = "ID", N = "N")
Приведенный выше код работает, но только если df-dataframe действительно содержит N-переменную (но не с другим именем переменной). Я предполагаю, что «данные%>%» побуждают R заглянуть в фрейм данных и не использовать часть «сумма (N ...» в качестве ссылки на вызов.
Я могу догадаться, что это выглядит ужасно для кого-то с какой-то идеей :)
Спасибо за любые идеи Хольгер





Сначала удалите дубликаты с помощью функции unique и просуммируйте на var.
Во-вторых, возьмите df и сгруппируйте по var, n() дает количество и n_distinct(ID) количество уникальных идентификаторов, затем вы присоединяетесь к кадру данных stats_N
library(dplyr)
stats_N <- df %>%
select(ID,var,N) %>%
unique() %>%
group_by(var) %>%
summarise(N=sum(N))
df %>%
group_by(var) %>%
summarise(n=n(),km=n_distinct(ID)) %>%
left_join(stats_N)
# A tibble: 4 x 4
# var n km N
# <fct> <int> <int> <dbl>
#1 A 7 4 389
#2 B 5 3 446
#3 C 2 2 135
#4 D 6 6 968
в дополнение к ответу @fmarm, это также можно сделать без объединения, где сделать группу с помощью «var», получить количество различных элементов в «D» (n_distinct), количество строк (n()) и sum из недублированные 'N's
library(dplyr)
df %>%
group_by(model = var) %>%
summarise(km = sprintf("%d (%d)", n_distinct(ID), n()),
N = sum(N[!duplicated(N)]))
# A tibble: 4 x 3
# model km N
# <fct> <chr> <dbl>
#1 A 4 (7) 389
#2 B 3 (5) 446
#3 C 2 (2) 135
#4 D 6 (6) 968
Большое спасибо. Я абсолютно взволнован. Недавно я открыл для себя dplyr, но не знал, что он такой мощный. Однако я не понимаю большинство аргументов ("sprintf", "%d" и т. д.). У вас есть какая-то рекомендация, куда я мог бы перейти, чтобы узнать больше о возможностях?
@HolgerSteinmetz Я тоже рад, что тебе это нравится. sprintf — это базовая функция R, похожая на функцию в других языках (format или f string -python), где она возвращает результат при форматировании ввода на основе. здесь %d предполагает, что входным аргументом будет цифра. С %d (%d) он в основном меняет формат, добавляя () и вставляя два аргумента (n_distinct, n()) в одну строку. Я бы сначала почитал виньетки dplyr здесь
Загляните в group_by и суммируйте функции из dplyr. Они очень удобны в вашем случае.