Пропустить оператор в миграции доктрины, если есть столбец?

Если в вашем методе есть типичный класс Schema, вы можете сделать что-то вроде этого:

public function up(Schema $schema)
{
    if (!$schema->getTable('your_table')->hasColumn('your_column')) {
        // do your code
    }
}

Или, если вы хотите использовать skipIf, вы сможете сделать следующее, хотя я не тестировал.

public function up(Schema $schema)
{
    $this->skipIf(
        $schema->getTable('your_table')->hasColumn('your_column'), 
        'Skipping because `your_column` exists'
    );
}