Когда я обновляю свои данные с помощью yarn upgrage-interactive, он обновляется в файле yarn.lock (и node_module ofc), но package.json по-прежнему без обновлений.
Как я могу обновить мой package.json deps в соответствии с последними пакетами обновления, которые находятся в файле yarn.lock?
А как правильно делать обновления, чтобы затронули оба файла yarn.lock n package.json?

Вот хороший инструмент для этого. Запустите его, затем запустите yarn, и все ваши пакеты будут в своих последних версиях, также обновленных в package.json.
Однако будьте осторожны, поскольку выполнение такого процесса, как этот мощь, приводит к поломке вашего приложения, особенно если это обновление основной версии (или даже незначительное), поэтому ответственность по-прежнему лежит на вас. Если вас это беспокоит, лучше всего будет обновить версии вручную. Если вы используете VSCode, он предоставляет intellisense для пакетов и версий пакетов в package.json, что очень помогает.