$ pull работает в оболочке mongo, но не в коде nodejs (expressjs)

Сборник содержит следующий документ:

{
"_id" : ObjectId("5b02df7a45b504151cb42c40"),
"email" : "[email protected]",
"appointments" : [ 
    {
        "patient_name" : "patient_1",
        "patient_id" : 1.0,
        "time" : 1528915447.0
    }, 
    {
        "patient_name" : "patient_2",
        "patient_id" : 2.0,
        "time" : 1529915447.0
    }
]}

Следующая операция удалит документ с именем пациента = "пациент_2" (т. Е. Второй документ), когда я попробовал его с помощью инструмента robomongo или оболочки mongo.

db.getCollection('doctors').update(
{ email: "[email protected]" },
{ $pull: { appointments: {patient_name: "patient_2", patient_id:2, time: 1529915447} } } 
)

Однако, когда я попробовал то же самое с node api, он просто отправил ответ как {success: true}, но не удалил этот конкретный документ из базы данных.

app.post('/secure/doctor/reject_appointment', function(req, res){
    console.info(req.body)
    if (!req.user){
        res.json({success: false,message:"Unauthorized"});;
    return;
    }
    Doctor.findByIdAndUpdate(req.user.id,
        {$pull: { appointments: {patient_name: req.body.patient_name, patient_id:req.body.patient_id, time: req.body.time}}},
        {safe: true, upsert: true},
        function(err, doc) {
            if (err){
            console.info(err);
            res.json({
                success:false
                }).end();
            }else{
                console.info(doc.appointments)
                res.json({
                success:true
                }).end();
            }
        }
    );
});

тело запроса: { patient_name: 'patient_2', patient_id: 2, time: 1529915447 } Не могу понять проблему.