R markdown to html через knitr + pandoc: ошибка 137

После исследования ошибки я все еще не могу ее исправить. Однако у меня есть обходной путь, который позволяет вставлять произвольные данные json в отчет html, созданный с помощью R markdown, вообще без использования pandoc; последний, похоже, не любит инъекцию большого количества json, например, метод, описанный в

http://livefreeordichotomize.com/2017/01/24/custom-javascript-visualizations-in-rmarkdown/

поскольку эта ошибка 137 кажется мне связанной с pandoc, убивающим процесс преобразования в html, поскольку для завершения требуется много времени.

Обходной путь довольно прост: вместо того, чтобы вводить данные json на этапе компиляции knitr, включая их в блок с параметром asis (как описано в приведенной выше ссылке), лучше добавить данные json в конец в html-файле, который создается компиляцией с помощью knitr и pandoc. Другими словами, вставьте данные json в выходной html-файл шагов kitr + pandoc.

Предполагая, что файл rmd, который должен быть скомпилирован в html, находится в установленном пакете, и следуя предложениям на

Лучшая практика для встраивания произвольного JSON в DOM?

для встраивания данных json в DOM можно достичь этой цели, используя пакет xml2 с такой функцией, как:

create_report <- function(file, 
                          subdir, 
                          package, 
                          parameters, 
                          output_file, 
                          data_arr = NULL){
  #check file exists
  if (system.file(package = package, subdir, file) == ''){
    stop('Cannot find the .rmd file')
  }
  #first generate report
  address <- rmarkdown::render(system.file(package = package,
                                       subdir,
                                       file),
                           output_dir = getwd(),
                           intermediates_dir = getwd(),
                           output_file = output_file,
                           params = parameters,
                           clean = FALSE)
  #then append the data in the json files located in the named list
  #data_arr directly into the 
  #html after compilation if needed:
  if (!is.null(data_arr)){
  report <- xml2::read_html(address)
  report_body <- xml2::xml_find_first(report, "body")
  #adding the data
  for (i in 1:length(data_arr)){
    xml2::xml_add_child(report_body, "script", type = 'application/json', id = 
  names(data_arr[i]), data_arr[[i]])
  }
  #Then add a script that takes the data from the script tags added above and 
  #initializes the variables.
  varnames <- paste0("var ", names(data_arr), " = 
  JSON.parse(document.getElementById('", names(data_arr), "').innerHTML);",
                   collapse = " ")
  xml2::xml_add_child(report_body, "script", type = 'text/javascript', id = 
  'external_json_init', varnames)
  xml2::write_html(report, address)
}
return(address)
}

В приведенной выше функции data_arr должен быть именованным списком, элементы которого представляют собой строки json, полученные, например, путем преобразования объектов R с использованием jsonlite :: toJSON, и чьи имена являются именами переменных, которые будут использоваться для хранения данных на уровне javascript. . Таким образом, json произвольного размера может быть вставлен в HTML-код, сгенерированный R markdown, для обработки с помощью javascript.