Непонятно, хотите ли вы 0:1пробу с заменой. Я предполагаю всегда 0:1 и замену с заменой только тогда, когда количество строк в группе больше 2.

В начале кода как dplyr, так и base-R есть фрагмент, похожий на этот.

sample(c(0:1, sample(0:1, size = n()-2, replace = (n() > 4))))

• нам нужно убедиться, что в связке есть хотя бы один 0 и один 1; если бы мы это сделали sample(0:1, size=n(), replace=TRUE), возможно (хотя и маловероятно), что у нас могут быть все 0 или все 1, и я делаю вывод, что нам нужно/нужно хотя бы по одному из каждого;
• из-за этого мы ставим хотя бы по одному из каждого числа с помощью c(0:1, ..), гарантируя наличие каждого числа;
• и поскольку мы форсируем эти два, нам нужно, чтобы внутренний sample создавал размер n() - 2 (на 2 меньше, чем строк); если рядов всего четыре, то внешнего 0:1 и внутреннего 0:1 будет достаточно, поэтому технически замена нам не нужна, следовательно replace=(n() > 4)
• теперь, когда у нас есть вектор, который гарантированно начинается с 0:1 и может иметь ноль или более 0 и 1 в зависимости от количества строк в группе, нам нужно случайным образом изменить их порядок (потому что мы не хотим, чтобы первые два быть всегда 0:1

дплир

library(dplyr)
set.seed(42)
quux |>
  mutate(
    Col1 = if (n_distinct(SubID) > 1) {
        sample(c(0:1, sample(0:1, size = n()-2, replace = (n() > 4))))
      } else 0,
    .by = c(MainID, DOB)
  )
#   MainID  SubID          DOB   BMI Col1
# 1   1234 1234_A  Feb-19-2024 10.10    0
# 2   1235 1235_A  Jan-11-2023 17.23    0
# 3   1235 1235_B  Jan-11-2023 19.11    1
# 4   5136 5136_A  May-17-2021 21.87    0
# 5   5136 5136_B  May-17-2021 14.18    1
# 6   5136 5136_C  May-17-2021 18.11    0
# 7   3357 3357-A  Oct-06-2023 24.10    0
# 8   9124 9124-B July-01-2021 12.09    0
# 9   9124 9124-B July-01-2021 15.06    0

база R

ave(seq_len(nrow(quux)), quux[, c("MainID", "DOB")],
    FUN = function(ind) {
      nr <- length(ind)
      nsub <- length(unique(quux$SubID[ind]))
      if (nsub > 1) sample(c(0:1, sample(0:1, size = nr-2, replace = (nr>4)))) else 0
    })
# [1] 0 0 1 0 1 0 0 0 0

Данные

quux <- structure(list(MainID = c(1234L, 1235L, 1235L, 5136L, 5136L, 5136L, 3357L, 9124L, 9124L), SubID = c("1234_A", "1235_A", "1235_B", "5136_A", "5136_B", "5136_C", "3357-A", "9124-B", "9124-B"), DOB = c("Feb-19-2024", "Jan-11-2023", "Jan-11-2023", "May-17-2021", "May-17-2021", "May-17-2021", "Oct-06-2023", "July-01-2021", "July-01-2021"), BMI = c(10.1, 17.23, 19.11, 21.87, 14.18, 18.11, 24.1, 12.09, 15.06)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -9L))