Разбор нескольких файлов xml, JDOM

Передайте вашей программе аргумент каталога вместо аргумента файла. Затем убедитесь, что переданный аргумент действительно является каталогом, перечислите все файлы и обработайте каждый файл. Например:

import java.io.File;
import java.io.FilenameFilter;

public class FileDemo {
    public static void main(String[] args) throws Exception {
        if (args.length != 1) {
            // print usage error
            System.exit(1);
        }

        File dir = new File(args[0]);
        if (!dir.isDirectory()) {
            // print usage error
            System.exit(1);
        }

        File[] files = dir.listFiles(new FilenameFilter() {
            public boolean accept(File dir, String name) {
                return name.toLowerCase().endsWith(".xml");
            }
        });

        for (File file : files) {
            // process file
            System.out.println("File: " + file.getAbsolutePath());
        }
    }
}