Что-то вроде того:

Программа: split.awk

NR == 1 {
    # ignore first header line
    next
}
{
    i=1
    while (i <= NF) {
        gsub(/^[^_]*_/, "", $i)
        gsub(/_[^_]*$/, "", $i)
        print $i
        i++
    }
}

Выполнено так:

awk -f split.awk file1.txt > file1_v1.txt

Чтобы выполнить его для многих файлов:

for f in file*.txt; do echo "$f"; awk -f split.awk "$f" > "${f%.txt}_v1.txt" ; done

ОБНОВЛЯТЬ

Вы также можете использовать sed и tr:

sed -n '2,$p' file1.txt | tr " " "\n" | sed 's/^[^_]*_\(.*\)_[^_]*$/\1/'

Это может сработать для вас (GNU sed):

sed -i '1d;s/\s\+/\n/g;s/^[^_]*_//mg;s/_.*//mg' file1 file2 file3 ...

Используйте параметр командной строки -i для замены inline.

Удалите первую строку каждого файла (удалите заголовок).

Замените пробелы на новые строки. Это преобразует каждый токен в отдельную строку.

Удалите первую часть строки до первого _ включительно для всех строк в пространстве шаблона.

Удалить от первого _ до конца строки, оставив результат.

Н.Б. Опцию -i можно заменить опцией -s, если пользователю требуется вывод на стандартный вывод только одного или нескольких файлов. Также обратите внимание на флаг m в последних двух командах замены, который меняет обычную замену, чтобы использовать многострочные шаблоны.

Чтобы изменить имена выходных файлов, используйте GNU Parallel:

parallel --plus "sed '1d;y/ /\n/;s/^[^_]*_//mg;s/_.*//mg' {} > {.}_v1.{+.}" ::: file1.txt file2.txt ...

Обычно я бы не стал отвечать на вопрос, на который ФП не предпринял никаких попыток решить свою проблему самостоятельно, но поскольку уже есть несколько ответов...

Используя любой awk:

$ cat tst.awk
BEGIN { FS = "_" }
FNR == 1 {
    close(out)
    out = FILENAME
    sub(/\.txt$/,"_v1&",out)
    next
}
{
    for ( i=2; i<=NF; i+=2 ) {
        print $i > out
    }
}

$ awk -f tst.awk file{1,2}.txt

$ head file{1,2}_v1.txt
==> file1_v1.txt <==
fff
rrr
ggg

==> file2_v1.txt <==
ttt
iii
lll