Разобрать HTML-страницу в JSON-представление дерева DOM

Причина, по которой вы видите только один элемент DIV, заключается в том, что вы создаете ассоциативный массив, что его элементы (в вашем случае DIV) перезаписываются при повторении элементов DIV, начиная с они находятся на одном уровне дерева.

Ваш код беспорядок, и я думаю, что это слишком для чего-то такого простого. Вот моя версия вашего кода - анализ элемента HTML DOM в ассоциативный массив PHP:

Примечание: чтобы избежать перезаписи одних и тех же элементов, я просто помещаю дочерние элементы в индексированный массив и сохраняю тэг как элемент.

Простой рекурсивный подход (упакованный в статический класс):

Вы можете увидеть рабочий пример здесь

<?php
class DomToArray {

    /* Method to get the contents of the attributes
     * @param $element -> Object DomElement
     * @return Array
     */
    private static function get_attribute_contents($element) {
        $obj_attribute = [];
        if ($element->hasAttributes()) {
            foreach ( $element->attributes as $attribute ) {
                $obj_attribute [$attribute->name] = $attribute->value;
            }
        }
        return $obj_attribute;
    }

    /* Recursive method to walk the DOM tree and Extract the metadata we need
     * @param $element-> Object DomElement
     * @param &$tree-> Array Element
     * @param $text -> String || null
     * @return Array
     */
    private static function get_tag_contents($element, &$tree, $text = null) {
        //The node representation in our json model
        $tree = array(
            "tagName"     => ($element->nodeType === 1 ? $element->tagName : $element->nodeName),
            "nodeType"    => $element->nodeType,
            "attributes"  => self::get_attribute_contents($element),
            "value"       => $text,
            "child_nodes" => []
        );

        // iterate over children and Recursively parse them:
        if ($element->hasChildNodes()) {
            foreach ($element->childNodes as $subElement) {
                $text = null;
                if ($subElement->nodeType === 3) {
                    $text = trim(preg_replace('/\s+/', ' ', $subElement->textContent)); //Removes also \r \n
                    if (empty($text)) continue; //Jump over empty text elements.
                }
                self::get_tag_contents($subElement, $tree["child_nodes"][], $text);
            }
        }
    }
    /* Main Method to convert an HTML string to an Array of nested elements that represents the DOM tree.
     * @param &$html -> String
     * @return Array
     */
    public static function html_to_obj(&$html) {
        $dom = new DOMDocument ();
        $dom->loadHTML($html);
        $tree = [];
        self::get_tag_contents($dom->documentElement, $tree);
        return $tree;
    }
}

Теперь рассмотрим эту программу и введите:

$source = "
<div class=\"issue-message\">
    Rename this package name to match the regular expression
    '^[a-z]+(\.[a-z][a-z0-9]*)*$'.
    <button class=\"button-link issue-rule icon-ellipsis-h little-spacer-left\" aria-label=\"Rule Details\"></button>
</div>
<div class=\"issue-message\">
    Replace this use of System.out or System.err by a logger.
    <button class=\"button-link issue-rule icon-ellipsis-h little-spacer-left\" aria-label=\"Rule  Details\"></button>
</div>
";

$array_tree = DomToArray::html_to_obj($source);
echo json_encode($array_tree);

Вывод будет:

{
  "tagName": "html",
  "nodeType": 1,
  "attributes": [],
  "value": null,
  "child_nodes": [
    {
      "tagName": "body",
      "nodeType": 1,
      "attributes": [],
      "value": null,
      "child_nodes": [
        {
          "tagName": "div",
          "nodeType": 1,
          "attributes": {
            "class": "issue-message"
          },
          "value": null,
          "child_nodes": [
            {
              "tagName": "#text",
              "nodeType": 3,
              "attributes": [],
              "value": "Rename this package name to match the regular expression '^[a-z]+(\\.[a-z][a-z0-9]*)*$'.",
              "child_nodes": []
            },
            {
              "tagName": "button",
              "nodeType": 1,
              "attributes": {
                "class": "button-link issue-rule icon-ellipsis-h little-spacer-left",
                "aria-label": "Rule Details"
              },
              "value": null,
              "child_nodes": []
            }
          ]
        },
        {
          "tagName": "div",
          "nodeType": 1,
          "attributes": {
            "class": "issue-message"
          },
          "value": null,
          "child_nodes": [
            {
              "tagName": "#text",
              "nodeType": 3,
              "attributes": [],
              "value": "Replace this use of System.out or System.err by a logger.",
              "child_nodes": []
            },
            {
              "tagName": "button",
              "nodeType": 1,
              "attributes": {
                "class": "button-link issue-rule icon-ellipsis-h little-spacer-left",
                "aria-label": "Rule  Details"
              },
              "value": null,
              "child_nodes": []
            }
          ]
        }
      ]
    }
  ]
}

Надеюсь, я помог вам.