Сначала напишите метку времени в логгере nodejs winston

Вы можете разработать собственный форматтер

const winston = require('winston');

class TimestampFirst {
    constructor(enabled = true) {
        this.enabled = enabled;
    }
    transform(obj) {
        if (this.enabled) {
            return Object.assign({
                timestamp: obj.timestamp
            }, obj);
        }
        return obj;
    }
}

var myFormat = winston.format.combine(
    winston.format.timestamp({
        format: 'YYYY-MM-DD HH:mm:ss.SSS'
    }),
    new TimestampFirst(true),
    winston.format.json()
);

winstonLogger = winston.createLogger();
winstonLogger.configure({
    level: 'info',
    format: myFormat,
    transports: [
        new winston.transports.Console(),
    ]
});


winstonLogger.info('hello', {
    message: 'test'
});

Дополнительная информация https://github.com/winstonjs/logform

Вы можете использовать JSON.stringify() и printf(). Просто измените свою переменную myFormat на это:

var myFormat = winston.format.combine(
  winston.format.timestamp({format: 'YYYY-MM-DD HH:mm:ss.SSS'}),
  winston.format.printf((info) => {
    return JSON.stringify({timestamp: info.timestamp, 
                           level: info.level, 
                           message: info.message});
}));