Spring Security AuthenticationManager

Нет, вы не хотите переопределять этот метод, если у вас нет настраиваемого диспетчера аутентификации. Переопределите два метода настройки в классе Config,

 public class AppConfig extends WebSecurityConfigurerAdapter {
      @Override
      public void configure(AuthenticationManagerBuilder builder)
              throws Exception {
          builder.authenticationProvider(new CustomAuthenticationProvider());
      }
      @Override
      protected void configure(HttpSecurity http) throws Exception {
    }
    }