Symfony использует entityManager в каком-то классе

Чтобы получить доступ к entityManager внутри вашего Сервиса, вы должны сначала построить его.

namespace App\Service;

use Doctrine\ORM\EntityManagerInterface;

class ServiceName
{
    private $entityManager;

    public function __construct(EntityManagerInterface $entityManager)
    {
        $this->entityManager = $entityManager;
    }
    public function myFunction()
    {
        $classRepo = $this->entityManager->getRepository(ClassName::class);
    }
}