Цикл getline отключает печать в txt

Моя программа на C++ записывает строковые данные в текстовый файл. У меня есть функция bool check (), которая принимает входные данные и читает файл, возвращая истину, если она находит совпадающую строку, и заканчивается возвращением false (для случаев, когда она не возвращается в if {}).

другая функция, nuc (), анализирует результат check () и записывает по-разному в зависимости от результатов.

Я всегда очищаю файл fragments.txt перед запуском программы, поэтому check () всегда возвращает false. Вот псевдокод:

if (check()){
cout << "present" << endl;   
...
}
else{
   cout << "not present" << endl;
   fragments.txt << string;
   counts.txt << int;
}

если я запускаю код, как указано выше, программа переходит в состояние «отсутствует» (то есть вызывает else {}), записывает в файл счетчика, но не записывает в файл txt.

Если я заменяю if (check ()) на if (false), он вызывает else {}, как указано выше, couting "not present" записывает в файл счетчика И записывает в файл txt.

вот код ниже:

#include <iostream>
#include <fstream>
#include <string>
using namespace std;

ifstream sections("sections.txt");
fstream fragments("fragments.txt");
fstream counts("counts.txt");
string fragment;
streampos fragpos;


bool check(string fragment_p) {
    string fragment_r;
    while (getline(fragments, fragment_r)) {
        if (fragment_p == fragment_r) {
            fragpos = fragments.tellg();
            return true;
        }
    }
    return false;
}


void nuc(string section, int position) {
    string fragment_f;
    bool present;
    int count;

    try {
        section.at(position + 1);
        nuc(section, position + 1);
    }

    catch (exception out_of_range) {
        fragment_f = shorten(fragment);

        if (check(fragment_f)) {
            cout << "present" << endl;
            counts.seekp(fragpos);
            counts.seekg(fragpos);
            counts >> count;
        }
        else{
            cout << "not present" << endl;
            fragments << fragment_f << "\n";
            counts << 1 << "\n";
        }
    }
}

Обновлено: добавление main () и примера txt

section.txt, содержащий только

BAT

должен получиться файл fragments.txt:

(an empty line)
T
A.
AT
B..
B.T
BA.
BAT

И это так, когда я заменяю вызов check () на false. Я подозреваю, что проблема может иметь какое-то отношение к позициям чтения / записи во фрагментах, поскольку это, кажется, единственное, на что влияет check (), но я действительно не знаю.

основной():

            int main() {
                string section;
                size_t pos = 0;

                if (!fragments || !counts || !sections)
                {
                    std::cout << "Error opening files!" << endl;
                    return 1;
                }

                while (getline(sections, section)) {

                    nuc(section, pos);
                }

                std::cout << "fragmentation complete" << endl;

                sections.close();
                fragments.close();
                counts.close();
                system("pause");
                return 0;

Обновлено еще раз: Я заметил, что если я отключу цикл getline в check () с помощью / ** / или открою fragments.txt во второй раз как фрагмент, как показано ниже

        ifstream fragmentsr("fragments.txt", ios::app);

и вызовите check () (ссылаясь на fragmentsr в своем цикле getline вместо фрагментов), программа пишет как задумано, дополнительно подчеркивая, что цикл getline отвечает за проблему записи.