Управление полями в genoPlotR plot_gene_map

Я создаю plot_gene_map рисунок с помощью пакета genoPlotRR, который дает горизонтальное филогенетическое дерево, где с каждым листом выровнен геномный сегмент.

Вот простой пример, который иллюстрирует мое использование и проблему:

Для функции plot_gene_map требуется объект ade4s' package phylog, который представляет филогенетическое дерево:

tree <- ade4::newick2phylog("(((A:0.08,B:0.075):0.028,(C:0.06,D:0.06):0.05):0.0055,E:0.1);")

Список объектов genoPlotRdna_seg (которые по сути являются data.frames с определенными столбцами), где имена элементов списка должны совпадать с именами листьев tree:

dna.segs.list <- list(A=genoPlotR::as.dna_seg(data.frame(name=paste0("VERY.LONG.NAME.A.",1:10),start=seq(1,91,10),end=seq(5,95,10),strand=1,col = "black",ly=1,lwd=1,pch=1,cex=1,gene_type = "blocks",fill = "red")),
                      B=genoPlotR::as.dna_seg(data.frame(name=paste0("VERY.LONG.NAME.B.",1:10),start=seq(1,91,10),end=seq(5,95,10),strand=1,col = "black",ly=1,lwd=1,pch=1,cex=1,gene_type = "blocks",fill = "blue")),
                      C=genoPlotR::as.dna_seg(data.frame(name=paste0("VERY.LONG.NAME.C.",1:10),start=seq(1,91,10),end=seq(5,95,10),strand=1,col = "black",ly=1,lwd=1,pch=1,cex=1,gene_type = "blocks",fill = "green")),
                      D=genoPlotR::as.dna_seg(data.frame(name=paste0("VERY.LONG.NAME.D.",1:10),start=seq(1,91,10),end=seq(5,95,10),strand=1,col = "black",ly=1,lwd=1,pch=1,cex=1,gene_type = "blocks",fill = "yellow")),
                      E=genoPlotR::as.dna_seg(data.frame(name=paste0("VERY.LONG.NAME.E.",1:10),start=seq(1,91,10),end=seq(5,95,10),strand=1,col = "black",ly=1,lwd=1,pch=1,cex=1,gene_type = "blocks",fill = "orange")))

И список объектов genoPlotRannotation, которые дают информацию о координатах, также названных в соответствии с листьями tree:

annotation.list <- lapply(1:5,function(s){
  mids <- genoPlotR::middle(dna.segs.list[[s]])
  return(genoPlotR::annotation(x1=mids,x2=NA,text=dna.segs.list[[s]]$name,rot=30,col = "black"))
})
names(annotation.list) <- names(dna.segs.list)

И вызов функции:

genoPlotR::plot_gene_map(dna_segs=dna.segs.list,tree=tree,tree_width=2,annotations=annotation.list,annotation_height=1.3,annotation_cex=0.9,scale=F,dna_seg_scale=F)

Который дает:

Как вы можете видеть, названия верхней и правой рамок (генов) обрезаны.

Я пробовал играть с pdf и width при сохранении рисунка в файл и с полями через heightpar, но они не дают никакого эффекта.

1. Любая идея, как отобразить этот график, не обрезая имена?

2. В настоящее время в margenoPlotR не реализована опция plot_gene_map. Любая идея, как я могу добавить легенду, скажем, которая показывает эти цвета в квадратах рядом с этими метками:

   data.frame(label = c("A","B","C","D","E"), color = c("красный","синий","зеленый","желтый"," апельсин"))