Ускорение цикла for, содержащего вызов функции coxph

Хорошо. Итак, это вопрос, аналогичный один, который я задавал ранее, для которого у меня до сих пор нет удовлетворительного решения.

Как вы увидите ниже, я использовал некоторые примерные данные для создания модели Cox PH, которая затем передается пользовательской функции, содержащей цикл for и функцию predictSurvProb из pec, которая в конечном итоге заполняет предварительно выделенный пустой вектор prediction.

Я пробовал использовать cmpfun от compiler. Однако улучшения производительности нет. Суждено ли мне просто жить с такой медленной скоростью обработки или есть какие-то способы ее ускорить? Я не умею кодировать на C++, поэтому Rcpp - это не вариант, который я себе представлял.

Спасибо.

require(dplyr, survival, pec)

cox_model <- coxph(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)

surv_preds <- function(model, query) {

  prediction <- vector(mode = "numeric", length = nrow(query))
  time <- 30

  for(i in 1:nrow(query)) {
    prediction[i] <- predictSurvProb(model, newdata = query[i, ], times = query[i, "time"] + time)
  }
  prediction
}

surv_preds(cox_model, lung)

Я не могу запустить ваш код как есть. Я получаю Error in coxDesign.coxph(object) : invalid object, а затем set x=TRUE in the call to coxph

Merik 16.08.2018 21:15

Он отлично работает для меня?

Seanosapien 17.08.2018 08:37
Стоит ли изучать PHP в 2026-2027 годах?
Стоит ли изучать PHP в 2026-2027 годах?
Привет всем, сегодня я хочу высказать свои соображения по поводу вопроса, который я уже много раз получал в своем сообществе: "Стоит ли изучать PHP в...
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
Поведение ключевого слова "this" в стрелочной функции в сравнении с нормальной функцией
В JavaScript одним из самых запутанных понятий является поведение ключевого слова "this" в стрелочной и обычной функциях.
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Приемы CSS-макетирования - floats и Flexbox
Здравствуйте, друзья-студенты! Готовы совершенствовать свои навыки веб-дизайна? Сегодня в нашем путешествии мы рассмотрим приемы CSS-верстки - в...
Тестирование функциональных ngrx-эффектов в Angular 16 с помощью Jest
В системе управления состояниями ngrx, совместимой с Angular 16, появились функциональные эффекты. Это здорово и делает код определенно легче для...
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Концепция локализации и ее применение в приложениях React ⚡️
Локализация - это процесс адаптации приложения к различным языкам и культурным требованиям. Это позволяет пользователям получить опыт, соответствующий...
Пользовательский скаляр GraphQL
Пользовательский скаляр GraphQL
Листовые узлы системы типов GraphQL называются скалярами. Достигнув скалярного типа, невозможно спуститься дальше по иерархии типов. Скалярный тип...
1
2
297
1
Перейти к ответу Данный вопрос помечен как решенный

Ответы 1

Ответ принят как подходящий

Изматывая себя попытками C++ и параллельных вычислений, я обнаружил, что простое преобразование факторных переменных в целые числа значительно улучшило мое приложение. Улучшение сокращает время обработки почти до 60 часов с недели!

Подозреваю, что это все еще не самое эффективное решение, но пока придется.

Другие вопросы по теме