В чем разница между использованием , (запятая) и использованием | (канал) в «кроме» xslt?

Нет никакой разницы. В обоих случаях все узлы в $Abbr, $pRPostNum и т. д. исключаются из набора узлов, выбранных node(). Единственное отличие состоит в том, что с оператором объединения | дубликаты в правой части except() удаляются первыми, но такие дубликаты не влияют на окончательный результат, поэтому не имеет значения, делаете вы это или нет, за исключением, возможно, с точки зрения производительности (которая, конечно, полностью зависит от реализации).