Внезапная потеря зависимостей в проекте Eclipse Gradle

Я работаю с проектом Gradle в Eclipse Oxygen с Java 8 и оболочкой Gradle 4.6.

Когда я попытался добавить новую зависимость compile 'com.googlecode.json-simple:json-simple:1.1.1' и обновить проект, вся папка «Project and External Dependencies» исчезла без следа, что остановило мой проект, запущенный из Eclipse (хотя он может выполняться через задачу Gradle Run).

Удаление вновь добавленной зависимости меня не спасает. Ни gradlew cleanEclipse & gradlew eclipse, ни обновления проекта бесчисленное количество раз.

Я также попытался очистить кеш и принудительно перестроить проект при повторном импорте, но «Проект и внешние зависимости» не отображаются.

Что мне делать, чтобы вернуть старые зависимости?

Вот мой build.gradle

// Apply the java plugin to add support for Java
apply plugin: 'java'
// Apply the plugin to be runnable
apply plugin: 'application'
// Apply the eclipse plugin to import project on other machines
apply plugin: 'eclipse'
// JUnit 5
apply plugin: 'org.junit.platform.gradle.plugin'

// Define the entry point
mainClassName = 'meshIneBits.MeshIneBitsMain'
applicationName = 'MeshIneBits'

// In this section you declare where to find the dependencies of your project
repositories {
    // Use 'jcenter' for resolving your dependencies.
    // You can declare any Maven/Ivy/file repository here.
    jcenter()
}

sourceCompatibility = 1.8

// In this section you declare the dependencies for your production and test code
dependencies {
    compile 'org.processing:core:3.3.5'
    compile 'org.jogamp.jogl:jogl-all:2.3.2'
    compile 'org.jogamp.gluegen:gluegen-rt:2.3.2'

    runtime "org.jogamp.gluegen:gluegen-rt:2.3.2:natives-linux-amd64"
    runtime "org.jogamp.gluegen:gluegen-rt:2.3.2:natives-linux-armv6"
    runtime "org.jogamp.gluegen:gluegen-rt:2.3.2:natives-linux-armv6hf"
    runtime "org.jogamp.gluegen:gluegen-rt:2.3.2:natives-linux-i586"
    runtime "org.jogamp.gluegen:gluegen-rt:2.3.2:natives-macosx-universal"
    runtime "org.jogamp.gluegen:gluegen-rt:2.3.2:natives-windows-amd64"
    runtime "org.jogamp.gluegen:gluegen-rt:2.3.2:natives-windows-i586"

    runtime "org.jogamp.jogl:jogl-all:2.3.2:natives-linux-amd64"
    runtime "org.jogamp.jogl:jogl-all:2.3.2:natives-linux-armv6"
    runtime "org.jogamp.jogl:jogl-all:2.3.2:natives-linux-armv6hf"
    runtime "org.jogamp.jogl:jogl-all:2.3.2:natives-linux-i586"
    runtime "org.jogamp.jogl:jogl-all:2.3.2:natives-macosx-universal"
    runtime "org.jogamp.jogl:jogl-all:2.3.2:natives-solaris-i586"
    runtime "org.jogamp.jogl:jogl-all:2.3.2:natives-windows-amd64"
    runtime "org.jogamp.jogl:jogl-all:2.3.2:natives-windows-i586"

    testCompile('org.junit.jupiter:junit-jupiter-api:5.1.0',
            'org.junit.jupiter:junit-jupiter-params:5.1.0')
    testRuntime('org.junit.jupiter:junit-jupiter-engine:5.1.0',
            'org.junit.platform:junit-platform-launcher:1.1.0')
}

eclipse {
    project.natures 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
    classpath {
        file {
            defaultOutputDir = file('bin/main')
            whenMerged {
                //change output folder for tests
                def testsrc = entries.find { it.path == 'src/test/java' }
                testsrc.output = "bin/test"

                def testres = entries.find { it.path == 'src/test/resources' }
                testres.output = "bin/test"

                // Remove local ref for libs
                entries.removeAll{ it.kind == "lib" }
            }
            containers 'org.eclipse.jdt.junit.JUNIT_CONTAINER/5', 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer' }
    }
}

buildscript {
    repositories { mavenCentral() }
    dependencies { classpath 'org.junit.platform:junit-platform-gradle-plugin:1.1.0' }
}

jar {
    baseName = applicationName
    version = '0.2.0'
    manifest { attributes  'Main-Class' : mainClassName }
}

Редактировать: После перехода на IntelliJ проблема решена (я использовал ту же папку проекта). Так что я думаю, что это проблема Eclipse.