Вызов exe в R блестящий

Вы можете создать actionButton и observeEvent, которые запускаются каждый раз, когда щелкают по этому actionButton. Простой рабочий пример:

library(shiny)

ui <- fluidPage(
  actionButton('run','Run executable!')
)

server<- function(input,output)
{
  observeEvent(input$run,
               {
                 system("cmd.exe", input = "notepad")
               })
}

shinyApp(ui,server)

Надеюсь это поможет!